El equipo de arqueología de Lima, gestionado por la Municipalidad, trabaja en el centro histórico de la ciudad con el objetivo de conocer su pasado prehispánico y colonial. En la actualidad cuenta con más de 12 sectores de excavación pertenecientes a diferentes proyectos. Cada uno de ellos está dedicado a estudiar diferentes aspectos de la estructura y configuración de la ciudad.

Siguiendo el recorrido de los antiguos canales del barrio de Montserrate el equipo ha hallado también los restos del antiguo hospital localizado en las inmediaciones de la Basílica de Santa Rosa. Además del hospital, en el desarrollo de las excavaciones se encontraron algunos materiales prehispánicos.

Además de los trabajos de investigación, el equipo trabaja también en la puesta en valor de algunos inmuebles o sectores de la ciudad. Es el caso de la antigua casa de las concepcionistas, antigua vivienda del periodo virreinal, que está en proceso de restauración para su conversión en museo dedicado a la cultura criolla. El equipo trabaja también la Calle Rinconada de Santo Domingo, donde viene siendo restaurado el empedrado original.

El equipo arqueológico Progresamos Callao, gestionado por la Municipalidad, trabaja en el interior de la Fortaleza del Real Felipe en busca de los restos de la ciudad arrasada por el tsunami de 1746.
En las excavaciones el equipo ha hallado las primeras evidencias jamás registradas del Callao de este periodo, enterrado a una profundidad de casi tres metros.

En las paredes del sector abierto por el equipo, la estratigrafía muestra capa a capa cada uno de los momentos históricos vividos en Callao. Se pueden incluso observar los restos rocas y adoquines que el tsunami arrastró cuando arrasó la ciudad.

El equipo planea continuar ampliando las excavaciones en la Fortaleza durante próximas campañas, mostrando un Callao hasta ahora desconocido.